Alors qu'une inspection de l'ONU est prévu sur la base de Militaire Sans Frontière, l'armée de privée créé par Big Boss (Naked Snake) celui ci se rend sur le camp Omega à Cuba pour libérer Paz, une agent double de Cipher (Organisation mystérieuse qui suit l'héritage des Philosophes) et Chico est un enfant militaire travaillant avec Snake. Snake va devoir s'infiltrer très discrètement pour mener à bien sa mission... enfin, c'est le but... less